Lizzanello sorge sul sabbione calcareo e sulle marne sabbiose nella parte meridionale dell'abitato, sul calcare compatto nella parte settentrionale. Le falde acquifere sotterranee oscillano nella parte bassa del paese fra gli 8 e gli 11 metri, nella parte più elevata fra i 35 e i 40 metri. Le acque sorgive sono potabili, sebbene calcarifere, salmastre in pochi pozzi